(A)期刊論文

• 洪巳軒，2019，〈墨子對於「兼愛」之論理與實踐精神〉，《國立台灣大學哲學論評》，第58期，頁1-38。
• 洪巳軒，2019，〈誰能制定較好的法律？論《韓非子》法治理論的根本困難〉，《政治科學論叢》，第81期，頁1-30。
• 洪巳軒，2017，〈戰爭的道德規範：以《荀子˙議兵》為核心之探討〉，《政治科學論叢》，第73期，頁1-29。
• 洪巳軒，2016，〈從《韓非子》「人設之勢」論政治權力之鞏固〉，《國立台灣大學哲學論評》，第51期，頁1-33。
• 洪巳軒，2016，〈論《荀子》道德論的知、行關係〉，《鵝湖》，第41卷第10期，頁3-14。
• 洪巳軒，2012，荀子「成人」教育理念對通識教育之啟發，《關渡通識學刊》第8期，頁107-126。
• 洪巳軒，2012，論《管子》政治權威之形式與基礎－以〈權修〉為核心之探討，《國立台灣大學哲學論評》第42期，頁129-156。
• 洪巳軒，2011，《荀子》知識理論的倫理規範與檢證方式，《華梵人文學報》第16期，頁171-202。
• 洪巳軒，2010，《韓非子．解老》篇「物」、「理」、「道」三者的關係，《華岡哲學學報》第2期，頁23-50。
• 洪巳軒，2009，＜論董仲舒「性未善」如何能「善」及其困難＞，《孔孟月刊》47:5/6=557/558：28-36。
• 洪巳軒，2008，＜張載「太虛」概念之釐清＞，《孔孟月刊》47:3/4=555/556：47-53。
• 洪巳軒，2004，＜荀學要義－以「三辨之學」為主軸＞，《孔孟月刊》42：10=502：39-47。
• 洪巳軒，2002，＜荀子無為而治的治道理想＞，《孔孟月刊》40：9=477：33-40。

(B)研討會論文

• 洪巳軒，〈誰能制定良善的法律？韓非法治理論的根本困難及其隱含的出路〉，當代法家研究的新視野國際研討會，中國人民大學國學院，2018年11月。
• 洪巳軒，〈戰爭的道德規範-以《荀子˙議兵》為核心之探討〉，第五屆道與德研討會-美感與道德感的新視野，中國文化大學哲學系106年5月。
• 洪巳軒，〈《莊子˙逍遙遊》的論述架構－以宣穎《南華經解》為核心之開展〉，第三屆道與德學術研討會，中國文化大學哲學系101年5月。
• 洪巳軒，〈政治權威的形式與基礎－以《管子˙權修》篇為核心之探討〉，臺灣大學哲學系「儒道佛三家哲學論辯」國際學術研討會，100年11月。
• 洪巳軒，〈韓非論政治權威的起源，「東方哲學與文化」國家論壇學術研討會〉，100年6月。
• 洪巳軒，〈論《荀子》信念之形成與檢證〉，臺灣大學哲學系「傳統中國哲學的知識論問題之當代省思」國際學術研討會，99年9月。
• 洪巳軒，〈《韓非子．解老》篇「物」、「理」、「道」三者的關係〉，臺灣大學哲學系「傳統中國形上學的當代省思」國際學術研討會，98年05月。

(C)學位論文

• 洪巳軒，2010，《荀子》知識理論之建構與分析，台灣大學哲學系博士論文。
• 洪巳軒，2001，《老子》與《莊子》的天道政治思想，政治大學政治學系碩士論文。