本中心於1980年初以教學研討會型式成立，稱為「共同學科」。1981年正式納入編制，隸屬於「理學院」。1985年「共同學科」成為一個與系級平行的行政單位，並設主任一人。

經過將近十年的發展，共同學科之教學範圍逐漸擴大，涵蓋大學通識教育之諸多面向。1992年「共同學科」改名為「通識教育中心」。至此，「通識教育中心」成為一個實際負責推動、規劃和執行通識教育的獨立教學研究單位。1995年「共同教育委員會」成立，由各學院院長及若干名與通識教育有關的教授組成，主要職責係審核通識教育中心的規章計畫，及協調、溝通中心與各學院間的課程事宜。1997年 「通識教育中心」自「人文社會學院」改隸至「共同教育委員會」。

2015年本校為推動大學部教育之整合，於8月正式將「共同教育委員會」改制為「清華學院」。本中心現隸屬於「清華學院」之下為二級教學單位。

現任中心主任
吳俊業副教授（2024.02～現任）

歷任中心主任

翁曉玲副教授（2018.02～2024.02）
林文源教授（2014.02～2018.01）
黎正中教授（2011.08～2014.01）
楊叔卿教授（2008.08～2011.07）
沈宗瑞教授（2002.08～2008.07）
謝小芩教授（2000.03～2002.07）
林安梧教授（1997.08～2000.02）
陳若璋教授（1994.08～1997.07）
洪泉湖教授（1993.08～1994.07）
王俊秀教授（1990.08～1993.07）

共同科目時期
宋文里教授（主任1987.08～1990.07）
彭文賢教授（主任1984～1987.07）
陳　華教授（召集人1982～1984）